從生化角度來看，細菌正常生長和繁殖的核酸和脫氧核糖核酸是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲大分子，微波導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌正是利用電磁場效應和生物效應起到對微生物的殺滅作用。實踐證明采用微波裝置在殺菌溫度、殺菌時間、產品品質保持、產品保質期及節能方面都有明顯的優勢。
即食燕窩殺菌鍋采用的正是微波殺菌，一般罐頭食品廠對罐頭作常壓水煮加熱殺菌處理時都采用這種殺菌方式，通過引入壓縮空氣可實現反壓殺菌，如冷卻需在鍋內進行，須用水泵打入鍋頂部的噴水管（或采用水循環系統）。
即食燕窩殺菌鍋主要從控溫精度和熱分布均勻性上進行選擇，若產品要求溫度很嚴格，尤其是出口產品，因為要求熱分布很均勻，所以應盡量選擇電腦全自動殺菌鍋。電腦半自動殺菌鍋溫度控制、壓力控制與電腦全自動相同，但是價格卻是電腦全自動的1/3。一般要求可以選擇電氣半自動殺菌鍋。手動殺菌鍋殺菌難度高，控溫和控壓等都由人工完成，食品外觀很難掌握，漲罐（袋）和破碎率高。
在殺菌時，由于加熱使罐頭溫度升高，罐頭內壓力會超過罐外（在鍋內）的壓力。因此為了避免殺菌時玻璃瓶罐內增壓而跳蓋，對罐兩端面凸出必須施加反壓力，特別是對需要較高殺菌溫度的肉類罐頭更就如此。
